El diagnòstic d'un celiac pot ser difícil, ja que els símptomes que produeix aquesta enfermetat també apareixen en moltes altres enfermetats.
Els pacients amb enfermetats celiaques tenen nivells elevats de anticossos contra el gluten. Si els nivells d'aquests anticossos són elevats, la manera de confirmar la enfermetat es estudiar una biopsia de la mucosa de l'intestí prim.
La confirmació del diagnòstic avui per avui es basa en la concurrencia de la sospita clínica, serlogia y biopsia intestinal compatibles amb la celiaquia.